Oyunumuz 1945'te, New Mexico'ya atılan bir atom bombasıyla bütün kasabanın yıkılmasını gösteren bir videoyla başlıyor. Patlamayla ateşin içinden kanatlı bir yaratık fırlar.Lara 1996'da, Natla ile tanışır. Natla Lara'dan üç parçadan oluşan ve her bir parçası Peru, Yunanistan ve Mısırda olan Atlantean Scion adındaki yapıyı istemektedir. Lara, Scion parçaları topladıkça Natla ve adamlarının kötü niyetli olduğunu anlamakta.